Ubahan minor dilakukan pada tahun 2008, setelah berusia 5 tahun. Bagian gril diubah menjadi krom dengan model 4 garis horizontal, dan model lamu depan–belakang juga dipercantik desain baru, serta lekukan bumper juga mendapat ubahan sedikit, sehingga terlihat lebih modern.
Barulah pada tahun 2009, versi facelift ini punya tipe paling standar yaitu tipe J. Fiturnya hanya dilengkapi AC depan, power steering, power window dan pelek berukuran 14 inci. Bahkan, belum ada perangkat audio saat pertama kali keluar.
Memang ubahan ini tidak terlalu terlihat, kalau tidak seksama. Dan pada facelift ini, tipe E sudah mendapat AC double blower, untuk menekan harga tipe J lebih terjangkau.
Tidak hanya pada bagian eksterior, bagian mesin juga mendapatkan ubahan pada varian diesel yang ditambahkan catalytic converter.
Tahun 2011, Kijang Innova mendapatkan ubahan eksterior yang cukup terlihat, mulai dari desain gril baru dengan 5 garis horizontal krom.
Desain lampu utama memiliki model ujung seperti sayap, fog lamp baru yang membulat, serta desain lampu belakang memiliki bentuk yang sama dengan pendahulunya. Hanya saja, komposisi warna diubah menjadi merah dengan lampu sein di bagian tengah.
Pada facelift kedua ini, tipe J telah dilengkapi head unit double DIN dengan 4 speaker, AC double blower, pelek kaleng 14 inci, wiper belakang dan wiper intermittent.
Baru pada facelift ketiga Kijang Innova dilengkapi SRS Airbag, sabuk pengaman dengan pre-tensioner dan force Limiter.
Sebagai penyegaran, akhirnya pada tahun 2013 dilakukan ubahan minor lagi pada bagian gril yang lebih besar. Plus penambahan body kit underguard, serta desain fog lamp baru dengan lis krom.
Intip bagian belakang juga ditambah garnis krom pada sisi tengah, yang dilengkapi mata kucing menyambung ke bagian lampu rem.
